Kegiatan kokurikuler didefinisikan sebagai kegiatan-kegiatan siswa di luar kegiatan intrakurikuler yang sangat mendukung keberhasilan kegiatan intrakurikuler. Adapun kegiatan kokurikuler yang diprogramkan adalah Masa Orientasi Siswa (MOS), out bound, field study, study tour, bakti sosial, social project, research class, literacy school, dan lain-lain.
- Masa Orientasi Siswa (MOS) atau Pekan Ta’aruf (PETA)
Peserta MOS atau PETA adalah calon siswa SMAIT Abu Bakar Boarding School Kulon Progo yang dinyatakan secara resmi telah lulus tes Ujian Masuk SMAIT Abu Bakar Boarding School Kulon Progo dan telah melaksanakan registrasi. Tahun ajaran 2017-2018, MOS dilaksanakan selama empat puluh hari. Tujuannya adalah untuk mengondisikan siswa agar benar-benar siap belajar. Selama mengikuti MOS, siswa harus sudah berseragam lengkap dengan identitasnya. Selama mengikuti MOS, peserta tidak diperkenankan untuk dijenguk oleh siapapun dari orang tua/wali, kecuali ada masalah yang membolehkannya. Selama mengikuti MOS, siswa akan dipantau kedisiplinannya dan akan mendapatkan sertifikat kelulusan setelah mengikuti program kedisiplinan. Bagi siswa yang tidak lulus MOS berkewajiban mengikuti program Bin Kus (Bimbingan Khusus).
- Field Study
Field study (belajar di lapangan dengan obyek belajar yang mendidik dan variatif) merupakan kegiatan siswa yang dilakukan dengan tujuan untuk melengkapi pengetahuan dan keterampilan yang didapatkan di kelas. Kegiatan field study dapat berupa pengamatan, percobaan atau eksperimen, dan diakhiri dengan penyusunan laporan. Objek pengamatan dapat bervariasi sesuai dengan tema. Pelaksanaan field study dapat mengintegrasikan beberapa macam mata pelajaran.
- Out Bound
Out bound adalah kegiatan siswa yang dilakukan di luar sekolah dengan tujuan untuk melatih siswa agar mempunyai jiwa kepemimpinan, kemandirian, dan kecerdasan emosi, di samping sebagai sarana membangun ukhuwwah antarsiswa dan sarana refreshing. Kegiatan ini bersifat wajib untuk seluruh siswa. Kegiatan ini dapat dilakukan di dalam maupun luar kota.
- Study Tour
Kegiatan study tour diselenggarakan sekali selama siswa menempuh pendidikan di SMA Islam Terpadu Abu Bakar Boarding School Kulon Progo. Kegiatan ini dilakukan sebagai wahana bagi siswa untuk meningkatkan wawasan dan pengalamannya sekaligus sebagai bekal siswa untuk menyusun pembuatan laporan atau tugas akhir sekolah. Adapun pelaksanaan kegiatan ini dapat dilakukan di dalam maupun di luar kota Yogyakarta.
- Bakti Sosial (Kuliah Kerja Dakwah)
Kegiatan ini bertujuan untuk mengasah kecerdasan emosional dan membangun kepedulian sosial. Program ini biasanya dilaksanakan setiap bulan Dzul Hijjah (bertepatan dengan Idul Adha dan hari Tasyriq).
- Research Class, Social Project, dan Literasi Sekolah (Literacy School)
Research Class dan Social Project bertujuan untuk mengasah kecerdasan siswa dalam membentuk kerangka berpikir yang logis, sistematis, dan peka terhadap fenomena sosial. Objek penelitian dalam Research Class tidak hanya alam, melainkan juga masyarakat dan kebudayaan. Melalui jalan ini, siswa diharapkan memiliki kerangka berpikir yang seimbang dalam menyikapi berbagai permasalahan alam dan sosial/humaniora pada umumnya. Adapun Social Project merupakan sebuah “jawaban” dari persoalan pendidikan sekuler selama ini yang tidak mampu membentuk manusia secara utuh. Melalui kegiatan ini, siswa diajak untuk mengembangkan dimensi-dimensi lain dalam dirinya di antaranya adalah dimensi individual, spiritual, emosional, dan intelektual. Dimensi-dimensi tersebut dikembangkan dalam sebuah bingkai besar, yaitu dimensi sosial.
Sementara itu, Literacy School bertujuan untuk mengembangkan daya kritis dan kreatif siswa. Secara sederhana, Literacy School merupakan sebuah gerakan kebudayaan. Sebagaimana ciri sebuah kebudayaan, gerakan ini didukung dan dijalankan oleh seluruh civitas akademika di sekolah secara berkesinambungan sehingga terbentuklah siswa yang literat. Dalam konteks ini, literat berarti siswa mampu memilah, memilih, mencerna, menanggapi, bahkan mengaplikasikan gagasan-gagasan dari berbagai wacana dalam lingkup regional, nasional, maupun internasional. Dalam praktiknya, siswa akan mengikuti program pembacaan buku cetak/elektronik secara periodik.
- Tahsin dan Tahfidz Al-Qur’an
Tahsin dan tahfidz Al-Qur’an adalah kegiatan kokurikuler yang bertujuan untuk memperbaiki kualitas bacaan dan hafalan Al-Qur’an siswa. Kegiatan ini wajib diikuti oleh semua siswa yang belum baik bacaan dan hafalan Al-Qur’annya sampai dinyatakan lulus. Siswa yang mengikuti ekstra Al-Qur’an tidak diperkenankan mengikuti kegiatan ekstra pilihan dan ekstra wajib yang lain dengan mendapat rekomendasi dari Pembina ekstra wajib.