Pimpinan sekolah adalah kepala sekolah yang dibantu mudir pesantren dan dilengkapi dengan wakil kepala sekolah dan koordinator bidang-bidang. Berikut rincian dari susunan dari mudir, waka, dan bidang-bidang tersebut:
| -Kepala Sekolah | : Dr. H. Akhsanul Fuadi, S.Ag., M.Pd.I. |
| -Waka Kurikulum | : Rista Wahyu Mahanani, S.Pd., Gr. |
| -Bidang Kepesantrenan | : Ahmad Nur Rohman, S.Pd.I., Al Hafidz |
| -Bidang Kesiswaan | : Andwi Sulistiyo, S.Pd. |
| -Bidang Riset dan Lab. | : Wiyogi Waskitaningtyas Utami, S.Pd., M.Sc. |
| : Ikhwan Nuryanto, S.Pd. | |
| -Bidang Bahasa | : Angga Hergastyamawan, S.E.I., M.E. |
| : Muhammad Wildan Arfan, S.H. | |
| -Kepegawaian, TU, & Sarpras | : Budi Setiawan, S.IP. |
| : Annisa Nurbaity, S.E. |