Kegiatan ekstrakurikuler berarti kegiatan pembelajaran di luar program intrakurikuler dan kokurikuler dalam rangka optimalisasi potensi diri siswa. Kegiatan ini dilaksanakan di waktu sore hari setelah kegiatan intrakurikuler berakhir. Kegiatan ekstrakurikuler yang diselenggarakan di SMAIT Abu Bakar Boarding School Kulon Progo antara lain: Pramuka SIT, Beladiri, Karya Ilmiah Remaja, Jurnalistik, English Club, Elektronika, BSMR, dan Sport Club. Secara rinci kegiatan ekstrakurikuler diuraikan sebagai berikut:

  1. Kepanduan (Pramuka SIT)

Pramuka SIT merupakan kegiatan ekstrakurikuler wajib yang harus diikuti  oleh siswa  pada  jenjang tertentu sebagai  sarana latihan siswa  agar  memiliki  ketrampilan hidup, berjiwa disiplin, mandiri, dan mampu survive dalam  menghadapi  kehidupan.

  1. Beladiri

Beladiri adalah program ekstrakurikuler wajib yang harus diikuti oleh seluruh siswa kelas X yang bertujuan agar memiliki kepercayaan diri, kekuatan fisik dan mental, kemampuan melindungi diri dan sebagai sarana tarbiyyah jasadiyyah siswa sebagai sarana untuk pengabdian kepada Allah SWT. Kegiatan ekstrakurikuler beladiri yang diterapkan di SMAIT Abu Bakar Boarding School Kulon Progo adalah Beladiri Karate INKAI yang segala sesuatunya mengacu pada ketentuan Karate Inkai Propinsi DIY, baik dalam kegiatan latihan maupun kurikulum pengembangan dan ketentuan-ketentuan lainnya.

  1. Karya Ilmiah Remaja (KIR)

KIR adalah kegiatan ekstra yang sifatnya pilihan. KIR berperan sebagai sarana bagi siswa yang mempunyai kecenderungan sebagai peneliti dan mempunyai keinginan untuk menemukan hal-hal yang baru serta sebagai sarana pembelajaran cara berfikir ilmiah dan mengembangkan kreativitas siswa.

  1. Jurnalistik

Jurnalistik adalah kegiatan ekstrakurikuler yang bersifat pilihan. Jurnalistik berperan sebagai sarana bagi siswa untuk menyalurkan bakat/hobi di bidang penulisan juga sebagai sarana pengembangan kompetensi jurnalistik bagi siswa yang mempunyai cita–cita menjadi seorang jurnalis.

  1. English Speaking Club (ESC)

ESC adalah ekstrakurikuler yang bersifat pilihan. ESC berperan sebagai sarana bagi siswa untuk mengasah kemampuan berbahasa Inggris agar mempunyai kemahiran dalam berbahasa Inggris dengan baik.

  1. BSMR (Bulan Sabit Merah Remaja)

BSMR adalah ekstrakurikuler yang bersifat pilihan. BSMR berperan sebagai sarana untuk mengasah kemampuan siswa dalam bidang kesehatan. Selain itu, kegiatan ini juga sebagai sarana untuk membiasakan pola hidup bersih dan sehat.

  1. Sport Club

Sport Club adalah kegiatan ekstra yang bersifat pilihan sebagai sarana mengembangkan kemampuan siswa di bidang olahraga seperti sepak bola, basket, voli, dan olah raga lain yang diminati siswa agar bakat siswa dapat terwadahi dengan baik. Adapun untuk saat ini SMAIT Abu Bakar Boarding School Kulon Progo akan mengembangkan club futsal dan basket.

  1. Elektronika dan Robotik

Elektronika dan robotik adalah kegiatan ekstra yang bersifat pilihan. Kegiatan tersebut berperan sebagai sarana pengembangan kemampuan di bidang elektronika dan robitik sekaligus sebagai wadah bagi siswa yang memiliki minat terhadap dua kegiatan tersebut.

  1. Komunitas Bakat Minat

Kegiatan ini berupa kelompok-kelompok siswa yang memiliki peminatan tertentu, namun belum terwadahi dalam kegiatan ekstrakurikuler. Kegiatan ini diikuti oleh minimal 10 siswa dengan mengajukan proposal pembentukan komunitas. Syarat dan ketentuan dijelaskan dalam Standar Prosedur Operasional kegiatan Kesiswaan.