Memasuki era postmodernisme, muncul sebuah kritik tajam terhadap kegagalan peran pendidikan (sekolah) dalam melahirkan generasi yang utuh cerdas secara akademik dan moral, berilmu amaliyah dan beramal ilmiyah sehingga pembelajaran di sekolah hanya terbatas pengajaran bukan pendidikan. Selain itu, perlu ada tempat khusus untuk memberikan pendidikan yang terpadu Terintegratif antara ilmu agama dengan ilmu umum, ayat qauliyah dengan kauniyah. Maka sekolah berbasis pesantren merupakan keniscayaan.

Menjawab tantangan tersebut, tahun 2003 dilahirkanlah SMAIT Abu Bakar. Karena SMAIT Abu Bakar yang berada di Kota Yogyakarta tidak mampu lagi menampung animo masyarakat untuk menyekolahkan putra-putrinya di SMAIT Abu Bakar, maka pengembangan SMAIT Abu Bakar diperlukan sehingga tahun 2017-2018 lahirlah SMAIT ABU BAKAR BOARDING SCHOOL KULON PROGO yang saat ini telah menjalankan kegiatan belajar mengajar dengan siswa yang berasal dari wilayah-wilayah di seluruh Indonesia.

SMAIT Abu Bakar Boarding School Kulon Progo terletak di Jalan Nyi Ageng Serang, Dusun Ngrandu, Desa/Kelurahan Triharjo, Kecamatan Wates, Kabupaten Kulon Progo, Daerah Istimewa Yogyakarta.